En la segunda mitad del siglo XVII, Francesco Redi cuestionó seriamente la teoría de la generación espontanea, realizando una serie de experimentos sobre una hipótesis de partida. También en esta época fue decisiva la construcción del primer microscopio por parte del holandés Anton van Leeuwenhoek, La nueva técnica permitió observar por vez primera la existencia de minúsculos y muy diversos “animalículos” vivos, presentes en el agua de lluvia conservada varios días al aire libre, en varias infusiones y en excrementos.
Fue Louis (1822-1895) quien consiguió, através de un experimento con el que demostró:
•  Que en el aire hay gran cantidad de microorganismos.
•  Que dichos microorganismos son los responsables de la descomposición de la materia orgánica.
Llegó a la primera conclusión aspirando aire a través de un algodón introducido en un tuvo de vidrio. Tras disolverlo con éter, obtenía un sedimento cuya observación al microscopio demostraba la presencia de miles de microorganismos.
Por lo que respecta a la segunda conclusión, que acaba definitivamente con la teoría de la generación espontánea, se basó en otra experiencia.
Diversidad y clasificación de los microorganismos
Microorganismo son aquellos seres vivos que sólo se pueden observar con ayuda del microscopio óptico o electrónico. Se localiza en todas partes adecuados para su desarrollo y reproducción.
Whittaker propuso una distribución de los seres vivos en cinco reinos. Dentro de esta clasificación, los microorganismos se hallarían en tres de los cinco reinos: moneras (bacteria y las cianobacterias), Protistas (algas unicelulares y a los protozoos), y los hongos (levaduras y los mohos).
Moneras
Se encuentran todas las bacterias y algas cianofíceas, conocidas como cianobacterias.
Las bacterias son los microorganismos más extendidos en la naturaleza. Se pueden encontrar prácticamente en todos los medios, se agrupan para formar colonias encontrarlas individualizadas.
Según su forma se clasifican en cocos, redondeados; bacilos, cilíndricos y espirilos enrollados en espiraral; si esta espiral es muy marcada se denominan espiroquetas, y su es corta e incompleta se habla de vibrios.
Presentan una gran variedad de formas de vida; así, las hay autótrofas fotosintética y autótrofas quimiosintéticas.

Las quimiosintéticas son especialmente importantes en los ciclos biogeoquímicos, ya que no sólo se comportan como organismos productores en los ecosistemas, sino que también participan en el reciclado de la materia al ser mineralizadoras. Entre las bacterias heterótrofas; Saprófilas, las descomponen la materia orgánica.
Otras sin simbióticas, y viven íntimamente asociadas a otros organismos, proporcionándose beneficios mutuos. Finalmente, existen otras bacteria parásitas o patógenas que ocasionan enfermedades en los hospedadores.
Las cianobacterias son microorganismos acuáticos que están provistas de pigmentos, lo que les confiere, por un lado, una coloración verdeazulada y, por otro, les permite captar luz solar para realizar la fotosíntesis.
Se cree que son las principales responsables del enriquecimiento en oxígeno de la primitiva atmósfera terrestre. En los ecosistemas contribuyen a la fijación de nitrógeno atmosférico en el medio acuático; en el medio terrestre, constituyen algunos tipos de líquenes en asociación con hongos.
Protista
Se tratan de reino que incluye organismo de unicelulares y pluricelulares indiferenciados con estructuras celular eucariota. Los microorganismos clasificados en este grupo se distinguen entre sí por el tipo de nutrición.
Algas unicelulares
Son autótrofas fotosintéticas. Habitan en medios acuáticos o en lugares húmedos. Pueden vivir libres o asociadas en colonias más o menos complejas; presentan una serie de pigmentos que facilitan la captación de luz para la fotosíntesis y les dan coloraciones específicas. Se clasifican precisamente en función de sus pigmentos y de las sustancias de reserva que acumulan.
•    Las euglenofíceas son algas verdes muy frecuentes en aguas eutrofizadas. Cuando las condiciones ambientales son desfavorables, pierden ese flagelo y se enquistan, resistiendo así los períodos de sequía.
•    Las pirrofíceas se caracterizan por la coloración pardoamarillenta de sus células. Aunque hay especies de agua dulces, la mayoría son marinas y forman parte del fitoplancton.
•    Crisofíceas son pardas o pardo-amarillentas, entre las que destacan, por su abundancia, las diatomeas, caracterizadas por poseer un caparazón silíceo. Al morir, sus caparazones se acumulan en los fondos marinos y originan rocas silíceas características.
•    Las clorofíceas o algas verdes, se encuentran formando parte fundamentalmente del fitoplancton de aguas dulces. Existen formar muy variadas libres o coloniales, fijas o móviles.
•    Las xantofíceas o algas verdes-amarillentas. Los individuos unicelulares pueden estar aislados o formar colonias, y pueden tener movilidad o ser inmóviles, son abundantes.
Protozoos
Hay protozoos de vida libre que habitan en el agua, en el suelo o en la materia orgánica en descomposición, llegando a soportar condiciones extremas; otros son parásitos, causantes de enfermedades como la disentería o el paludismo, o inquilinos, que resultan inofensivos.
Uno de los criterios comúnmente usados para clasificarlos es el tipo de locomoción. Las amebas emiten pseudópodos, utilizados no sólo para su desplazamiento, sino también para la captura del alimento. Suelen vivir en aguas de charcas y se enquistan cuando las condiciones ambientales les son desfavorables. Algunas especies habitan en el intestino humano sin causar daño, mientras que otras producen enfermedades como la disentería. Los ciliados se desplazan mediante movimientos sincronizados de los cilios que recubren parcial o totalmente su superficie. En las formas fijas, la corriente inducida por el movimiento ciliar atrae a pequeños organismos de los que se alimentan. Generalmente son acuáticos de vida libre, aunque hay contadas especies parásitas (Paramecio, Vorticela)
Los flagelados están dotados de uno o dos flagelos, en este grupo son muy frecuentes las especies patógenas (malaria), aunque también las hay simbióticas en el intestino de las termitas. (Trypanosoma, Trichomonas.
Los esporozoos deben a su nombre al hecho de ser protozoos formadores de esporas; son de pequeño tamaño y parásitos obligados; algunas de sus especies son responsables de enfermedades como el paludismos
Un grupo especialmente curioso de protozoos ameboides es el de los farominíferos. Presentan un caparazón perforado por multitud de orificios que permiten la salida de finos pseudópodos utilizados en la captura del alimento.
Hongos
Los hongos se clasificaron en un reino aparte debido a sus peculiares características, en parte, propias de animales y, en parte, de vegetales.
Los hongos son organismos heterótrofos saprófitos, es decir, descomponedores de materia orgánica, y desempeña un papel relevante en los ecosistemas terrestres como recicladores.
Los hongos uno son beneficiosos en las industrias y otros son los culpables de las pérdidas económicas en las industrias. Otros son parásitos de animales y plantas, o establecen relaciones simbióticas. En todos los caso, carecen de clorofila y se reproducen por esporas.
Los mohos son hongos cuyo cuerpo vegetativo está constituidos por filamentos celulares denominados hifas. Entre ellos, destaca por su popularidad el moho del pan, y el género Penicillium, conocido por ser productor del antibiótico.
Las levaduras se diferencia de los mohos en que son unicelulares y se reproducen por gemación. Se encuentran ampliamente difundidas en la naturaleza. Son muy utilizadas en procesos de fermentativos y como modelo para el estudio de procesos metabólicos.
Virus
Los virus constituyen un grupo aparte dentro de los microorganismos, ya que carecen de metabolismo y son, por ellos, parásitos intracelulares obligados, causantes de multitud de enfermedades en animales y plantas.
Según el tipo de células en que se reproduzcan, los virus se dividen en bacteriófagos, vegetales y animales. Entre los virus vegetales destacan el del mosaico del tabaco, que también afectan a otras especies. Los virus animales causan multitud de enfermedades.

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